Trio Assembly Snakemake Workflow
Input
- HiFi reads for child in bam format
- Either HiFi or short reads for parents in either bam or cram format
Directory structure within basedir
.
├── cluster_logs
├── reads
│ ├── HG002
│ │ └── hifi
│ ├── HG003
│ │ ├── hifi
│ │ └── paired_end
│ ├── HG004
│ │ ├── hifi
│ │ └── paired_end
├── results
│ ├── HG002
│ │ ├── fasta
│ │ ├── hifiasm
│ │ ├── logs
│ │ └── yak
│ └── HG002_sr
│ ├── fasta
│ ├── hifiasm
│ ├── logs
│ └── yak
└── workflow_trio_assembly
├── calN50
└── rules
└── envs